Порядок формирования бухгалтерской отчетности автономными учреждениями регламентируется Приказом Минфина РФ №67н "О формах бухгалтерской отчетности организаций". При составлении бухгалтерской отчетности автономного учреждения учитывается ряд особенностей. Предусмотрена специализированная форма № 1 "Бухгалтерский баланс" с учетом рекомендаций Минфина к разделу III "Капитал и резервы". Согласно рекомендациям автономное учреждение в разделе "Капитал и резервы" вместо статей "Уставный капитал", "Резервный капитал" и "Нераспределенная прибыль" предусмотрена группа статей "Целевое финансирование". Кроме этого, в группе статей "Добавочный капитал" отдельно выделяется показатель "Фонд недвижимого и особо ценного движимого имущества".
Предусмотрена возможность автоматического заполнения формы № 6 "Отчет о целевом использовании полученных средств", в которой раскрывается информация о целевом использовании полученных средств по форме, структуре, составу источников поступления и направлениям использования.
Автоматизировано формирование регистров налогового учета целевых средств:
- регистр учета поступлений целевых средств,
- регистр учета использования целевых поступлений.
Формы регистров разработаны в соответствии с рекомендациями МНС РФ к системе налогового учета для исчисления прибыли в соответствии с нормами главы 25 НК РФ.